Ｑ_国の指針は下記のとおりですが…
https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11900000-Koyoukintoujidoukateikyoku/0000137181.pdf
「９．昇進・昇格の人事考課において不利益な評価を行うこと。」がとても「気になる」表現です。「だったら休業する人と休業しない人を同等に昇進・昇格させないといけないのか？」とも読めるのですが、ほんとうにそこまで求められるのでしょうか？
Ａ_国の方針も判例も「育児休業等の取得日を出勤日と同一に評価する」ことまでは決して求めていません。したがって「休業者と非休業者を同一に評価して昇給・昇進・昇格させる」ことまでは求めていません。
ただし、育児休業制度等の趣旨や目的を没却させるような昇給・昇進・昇格上の不利益な取り扱い（極端な例では降給や職位資格の降格など。また例えば一律的な昇給・昇進・昇進・ 昇格制度や運用のもとでの「狙い撃ち」的な不利益）を禁じていると解すべきです。
ご不安があるようでしたら、先ずは貴院の昇給・昇進・昇格制度について、その考え方や内容を再度整理し、その中で育児休業等による不就業期間の合理的な取り扱いを検討して定めて下さい。