Q_「休憩時間」と「待機時間(手待時間)」の区別や、業務上必要な「待機時間(手待時間」が「労働時間」であるとされることは理解しています。
https://www.mhlw.go.jp/bunya/roudoukijun/roudoujouken02/jikan.html
また、それが時間外の場合には割増賃金を支払わなければならず、その際の基礎となる賃金は「通常の賃金」であることも理解しています。
https://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/kantoku/dl/040324-5a.pdf
しかし、通常の労働に比較して「実働密度」が極端に低い時間外労働にまで「通常の賃金」を基礎とした割増賃金を支払わなければならないことについては納得ができません。
A_「労働時間」とは、ご理解の通り、「労働者が使用者の指揮命令下に置かれている時間」のことですから、「実働密度」には関係がありません。(もっとも「実働密度」が「ゼロ」ならそもそも「労働時間」とは言えませんが…。)
また、例えば、「実働密度」が、通常の労働の「8分の1程度」であると言えるなら(これは筆者の実務経験上の目安ですが)「宿日直」の許可を受けることもできるでしょう。
https://www.mhlw.go.jp/content/12601000/000530052.pdf
そうすれば、当該時間は労基法上の「労働時間」に関する規定の適用を免れますし、適正な額の「宿日直手当」を支給すれば、「通常の賃金」や「割増賃金」の支払義務を免れます。
いずれにしても、使用者として、労働者の時間外・深夜・休日の勤務の実態(労働密度)をよく把握し、それに応じた(法的にも経営合理的にも)適正な対応をして下さい。