Ｑ_厚労省のリーフレットのとおりだとは思うのですが、もっと簡略化できませんか？
Ａ_「１日8時間かつ１週４０時間」が法定労働時間ですが、その例外のひとつが「１か月単位の変形労働時間制」であり、１か月間で１週平均で４０時間以内となるように「所定労働時間」を定めれば、日や週によって法定労働時間を超えても法違反としない制度です。
さて、貴院では就業規則や給与規程で「時間外勤務手当」の対象となる「時間外勤務時間」をどのように定義しておられますでしょうか…（ア）「法定労働時間を超える実働時間」でしょうか、それとも（イ）「所定労働時間を超える実働時間」でしょうか？
もし、上記（ア）なら、引用されたリーフレットのとおりです。もし、上記（イ）なら、所定労働時間が正しく設定されている限り、単に「所定労働時間を超える実働時間を時間外勤務時間として法定の割増率による時間外勤務手当を支給する」とすれば簡便です。
ただし、それでは、せっかくの変形労働時間制の「メリット（その日の所定労働時間が法定労働時間を超えても割増賃金の対象にならない）」が生かせません。なお、（ア）の場合でも（イ）の場合でも、法定深夜や法定休日の割増賃金の支給は必須です。